Trotz der Einberufung zahlreicher Lehrer und Schüler der 1940 gegründeten Meisterschule des deutschen Handwerks, an der verschiedenste kunstgewerbliche Zweige unterrichtet wurden, konnte bis 1944 der Unterricht aufrecht erhalten werden. Erst auf Grund der Dienstverpflichtung des letzten Schülers im Herbst 1944 wurde die Schule endgültig geschlossen. Infolge massiver Bombenangriffe auf Linz am 25. April 1945 wurde ein kompletter Gebäudeflügel sowie die Werkstätten mit den darin befindlichen Gerätschaften aufs schwerste beschädigt.
Sofort nach Kriegsende begannen Lehrer und Schüler unter der Leitung von Dir. Hofrat Dipl. Ing. Paul Huber gemeinsam mit dem Wiederaufbau des völlig zerstörten Hauptgebäudes sowie dem Neubau der bombardierten Werkstätten. Besonders erwähnenswert ist hierbei die Tatsache, dass ein Großteil der Wiederaufbauarbeiten in Rekordzeit von damaligen Schülern durchgeführt wurde.
Die rasche Abwicklung der Arbeiten war aber auch der großzügigen Unterstützung des damaligen Bürgermeisters der Stadt Linz Dr. Ernst Koref sowie der Initiative des Stadtbauamtes zu verdanken. Im Herbst 1945 wurden Lehrpläne und Studienordnung im altösterreichischen Geiste wiederhergestellt.
